故事的主角纱伊阿九斗，为了替社会尽一份心力而转入康士坦魔术学院就读，并以成为国家一级魔法师为目标而决心努力。没想到第一天上课的就获得一段内容相当夸张的预言，拜预言所赐，等待他的是堪称多灾多难的校园生活。他将面对被身为班长的女同学怨恨、被一名拥有不可思议能力的少女黏着不放，甚至还遭到帝国监察员的少女型人造人随时跟监等……
一个人造的电子人逃离了制造他的实验室，因为制造他的科学家非常邪恶，在路上，他得到了当地的郡治安官的帮助来对抗那位科学家的追捕。
据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
九十年代初期，一场离奇的爆炸让正在从事军事研究的化学工厂化为废墟，三名“军事试验品”从实验室中逃离，下落不明。因为这三名实验品是极度危险的不安定份子，于是中共中央派出了人造人聂玲（杨丽菁 饰）追查他们的下落。