三国时期，魏蜀之战，魏平西督司马懿夺取了要塞街亭。诸葛亮因用马谡大意失街亭。正当此时，司马懿大军逼近西城，而诸葛亮已将兵马调遣在外，一时难以回来，城中只有一些老弱兵丁。危机之中，诸葛亮自坐城头饮酒抚琴，一副悠闲自在的样子。司马懿兵临城下，见状大疑，不敢贸然进城，退兵二十里路观察。及至控明实情返回时，赵云率大军已到，司马懿中了诸葛亮的空城计。
故事发生在江湖时代。孤儿阿飞（刘德华 饰）传说自小由鱼群抚养长大，因此身手不凡。不过阿飞却对功名不感兴趣，在渔村过着逍遥自在的生活。一次偶然机会，阿飞结识了前朝遗民燕十三（钟镇涛 饰），两日成立莫逆之交。为了帮助燕十三与兰陵国君一起从十四太子手中夺回王位，阿飞前往兰陵国救出了兰陵国君及其女月牙儿（梅艳芳 饰）。阿飞与月牙儿在逃亡过程中互生情愫，但月牙儿早已与燕十三订下婚约，阿飞只能黯然离开了他们。趁阿飞离开，十四太子调遣部队包围了燕十三他们，情况危在旦夕。
1944年，周卫国（文章饰）秘密调遣雪豹特战队成员徐虎（乔鹏樾饰）前往上海日军警备司令部，营救已暴露身份被捕的苏联红军情报员田冲（吴承轩饰）。获救的田冲带来关东军边境布防图的情报，周卫国同意让徐虎配合军令部前往北部作战，一个精心布置的致命陷阱正等着雪豹特战队。
职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。