天劫之后，哪吒、敖丙的灵魂虽保住了，但肉身很快会魂飞魄散。太乙真人打算用七色宝莲给二人重塑肉身。但是在重塑肉身的过程中却遇到重重困难，哪吒、敖丙的命运将走向何方？
天地灵气孕育出一颗能量巨大的混元珠，元始天尊将混元珠提炼成灵珠和魔丸，灵珠投胎为人，助周伐纣时可堪大用；而魔丸则会诞出魔王，为祸人间。元始天尊启动了天劫咒语，3年后天雷将会降临，摧毁魔丸。太乙受命将灵珠托生于陈塘关李靖家的儿子哪吒身上。然而阴差阳错，灵珠和魔丸竟然被掉包。本应是灵珠英雄的哪吒却成了混世大魔王。调皮捣蛋顽劣不堪的哪吒却徒有一颗做英雄的心。然而面对众人对魔丸的误解和即将来临的天雷的降临，哪吒是否命中注定会立地成魔？他将何去何从？
第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。