100名厄立特里亚难民乘坐卡车旅行了4天后抵达了在埃塞俄比亚蒂格雷地区的一处难民中心。为什么他们要逃亡？在那些关于西部难民渡海的“著名”照片所反映的事件之前，到底发生了什么？本片记录了奥加内实博士的工作，以及她在保护难民权利和解放西奈沙漠中被绑架和折磨的囚犯方面的承诺。本片有三个主角：难民，热情好客的埃塞俄比亚，在绝望中探求希望的奥加内实。
哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。