男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
神州浩土，万物有灵，与精灵结成伙伴的天才被称为御灵师。被封印百年的少年石大力意外遇到了来自平行世界的御灵伙伴九尾天狐青青，踏上了成为首席御灵师、寻找自己身世之谜和守护世界的道路。