六年前，梁森（梁家辉 饰）告别心伤爱人梅伊（梅艳芳 饰），来到后方参加地下党，梅则按照吴先生（曾江 饰）的安排成为夜总会歌女。 1941年，太平洋战争爆发，世界局势动荡不安。梁森和革命同志重返上海公共租界，当晚便目睹五个日本和尚惨遭杀害的景象，而幕后指使者竟是日本人白川（国村隼 饰）。梁尾随白川来至夜总会，两人发生搏斗，白川被杀，梁也多处负伤。养伤之际，梁森重逢爱人梅伊，旧情不断，难以割舍。 白川之死激化租界内的矛盾，76局特务头子铁泽民（徐少强 饰）对地下党进行无情捕杀……
菲律宾黑帮分子董岳于香港犯案，被警员细鬼,阿龙及其上司梁森缉捕，并由阿龙及政治部的大岛押回菲受审。不料途中让其手下救回，阿龙和大岛在当地警员范曾的协助下决定留下追捕董。在追捕逃犯的过程中，大岛和范的旧拍档均遭董偷袭，不幸身亡，范和阿龙同失好友，决意与歹徒决一死战……
影片讲述了为守护流落民间的忠良之女邱莫言及其手中的明朝海防图，龙门客栈老板娘金镶玉（娄艺潇饰）与江湖侠客周淮安（梁森饰）结缘，二人联手与神秘而强大的倭寇傀儡师（陈志朋饰）和前来追缉的东厂势力上演了一场尔虞我诈的江湖纷争。各方势力你方唱罢我登场，在龙门客栈的诡异龙船上搅动风云，在如此险局之中，金镶玉与周淮安之间既有并肩作战的江湖豪情，又有坚定的家国大义，其中情怀让人动容。此次，影片重新诠释经典故事，二人的感情将迎来怎样的结局，龙门客栈最终归处在何方，悬念迭起静待观众来揭晓。