大明末年》讲述的是明朝天启年间，熹宗皇帝朱由校荒于朝政，太监魏忠贤独搅大权，大肆剿杀异己，朝廷危机重重，熹宗皇帝无力回天，在悲愤中病逝。信王朱由检继位，改年号崇祯，立志改新朝政，重振大明，无奈朝廷积弊太深，加之朱由检生性多疑，推新不力，虽有一代怀揣绝世武功的英豪陈王廷倾心辅佐也无济于事，最终众叛亲离，被农民起义军李自成攻破京城，崇祯皇帝朱由检空怀一腔治国之心魂归煤山，大明王朝灭亡。给世人留下了一面历史的镜子！
公元1664年（崇祯十七年）三月十八，闯王李自成率领大顺军攻克北京推翻明王朝，明崇祯帝煤山上吊，留下惠妃和公主。被阉割后拥有超能力的明朝太监大宝负责照顾两个女孩，开始了寻找大宝的“宝贝”之旅。三人一路艰辛曲折，最终战胜恶敌，大宝找回自己的“宝贝”，变回了男人，并和惠妃得有一子，取名“小宝”。