电影改编自德国传说《花衣魔笛手》，讲述在朝鲜战争结束不久，一位名叫武龙[音译]（柳承龙饰）的魔笛手和他的儿子一起来到一个遭受到严重鼠患的偏远山区村庄。村长（李圣旻饰）允许武龙留下来，让他做些零工并且达成了驱除鼠患的交易。到了武龙要村长兑换诺言并离开的时候，却发现被欺骗了。武龙发誓要报仇，他把老鼠引回村庄，让村庄笼罩在恐怖之中，为实现一个古老的预言。
法兰克福市遭到热浪袭击，市内工人纷纷罢工，堆积如山的垃圾引起鼠患问题，老鼠群在市内无孔不入，更可怕的是它们身上带有一种不知名的可致命病毒。卡田医生急忙研制一种免疫疫苗以拯救市民。但灾难控制员法兰明白到传统的灭鼠方法并不可行，唯一解救方法只有独闯鼠穴…
深入探索老鼠令人咋舌的世界，见证它们在不同环境的强韧生存能力，如何在人类史上带来灾难。
并州发生鼠患，监狱坍塌，狄仁杰临危受命。大量村民因为鼠患而染病，被困城中。狄仁杰为了挽救全城百姓的性命，追查病源，然而随着调查的深入，原来鼠灾背后竟然还隐藏着一个巨大的阴谋。